20世紀90年代初期，支撐深圳經濟發展的加工貿易業出現嚴重滑坡，促使深圳市踐行創新發展戰略，尋找科技資源以支撐高新技術產業發展，力求突破技術缺乏、人才缺乏的制約；同一時期，國務院提出了“科技工作面向國民經濟主戰場”的口號，號召強化技術開發和推廣，加速科技成果商品化、產業化的進程。為了在高校和企業之間、科研成果和市場產品之間建設橋梁，清華大學與深圳市政府創建了深圳清華大學研究院，其戰略目標為“服務于清華大學的科技成果轉化、服務于深圳的社會經濟發展”，從此開啟了中國新型科研機構的嶄新探索。