有些需要滅菌的材料不能受熱，例如許多維生素溶液。因此，許多液體可以用過濾法來滅菌。過濾法不是將微生物殺死，而是把它們排除出去。目前過濾除菌采用兩類器具，一類叫深層濾器，例如用燒結玻璃、不上釉的陶瓷顆粒或石棉壓成的濾板等：另一類是濾膜。深層濾器已經使用了100年以上，現在有逐漸被濾膜取代的趨勢，但因為大量沉淀物容易堵塞濾膜，所以一般先用深層濾器除去大的顆粒。

    濾膜一般由醋酸纖維素、硝酸纖維素、多聚碳酸酯、聚偏氟乙烯等合成纖維材料制成。濾膜的孔徑一般為0.2微米，它可以濾除大多數微生物的營養細胞。過濾法的大缺點是不能濾除病毒。

    全辦法主要用于氣體、水、含有可溶性、不穩定物質的培養基、試驗液體和液狀醫藥品等。通常使用的過濾裝置有膜過濾器，磁制過慮器、玻璃纖維過慮器等。

    滅菌的基本要求有：要重復使用的診療器械、器具和物品，使用后應先清潔，再進行消毒或滅菌。被朊病毒、氣性壞疽及突發不明原因的傳染病病原體污染的診療器械、器具和物品，應執行WS/T 367第11章的規定。耐熱、耐濕的手術器械，應壓力蒸汽滅菌，不應采取化學消毒劑浸泡滅菌。環境與物體表面，一般情況下先清潔，再消毒；當受到患者血液、體液等污染時，先去除污染物，再清潔與消毒。醫療機構消毒工作中使用的消毒產品應經衛生行政部門批準或符合相應標準技術規范，并應遵循批準使用的范圍、方法和注意事項。