菌種是指食用菌、工業菌、農用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。菌種是從事微生物學及生命科學研究的基本材料，在醫學領域中，診斷制品的制備，菌苗的生產、微生物致病性研究，藥物的抑菌試驗及藥品微生物檢驗等都有一套完整的菌種菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。今天我們主要介紹各種菌種對作物的影響。

    光合菌群：是肥沃土壤和促進動植物生長的主力部隊。

凝結芽孢桿菌：可降低環境中的氨氣、硫化氫等有害氣體。提高果實中氨基酸的含量。

    米曲霉：使秸稈中的有機質成為植物生長所需的營養，提高土壤有機質，改善土壤結構。

    淡紫擬青霉：對多種線蟲都有防治效能，是防治根結線蟲zui有前途的生防制劑。

    地衣芽孢桿菌：抗病、殺滅有害菌。

    蘇云金芽孢桿菌：殺蟲（包括根結線蟲），對鱗翅目等節肢動物有特異性的毒殺活性。

    側孢芽孢桿菌：促根、殺菌及降解重金屬，

    膠質芽孢桿菌：有溶磷、釋鉀和固氮功能，分泌多種酶，增強作物對一些病害的抵抗力。

    枯草芽孢桿菌：增加作物抗逆性、固氮。

    巨大芽孢桿菌：解磷（磷細菌），具有很好的降解土壤中有機磷的功效。

    膠凍樣芽孢桿菌：解鉀，釋放出可溶磷鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。

    涇陽鏈霉菌：具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力。

    菌根真菌：擴大根系吸收面，增加對原根毛吸收范圍外的元素（特別是磷）的吸收能力。

    棕色固氮菌：固定空氣中的游離氮，增產。